Cypher - Morgan Sullivan (Jeremy Northam) is een werkloze boekhouder, die zijn simpele leventje beu is. Hij besluit zich aan te sluiten bij het bedrijf Digicorp, waarvoor hij spionagewerk zal verrichten. Onder een valse naam infiltreert hij in het spionnenwereldje en speelt hij informatie door aan zijn baas Finster. Sullivan wordt echter benaderd door Rita (Lucy Liu), die hem duidelijk maakt dat de bijeenkomsten een dekmantel van Digicorp zijn om de versbakken spionnen te hersenspoelen. Rita overtuigt Sullivan aan de slag te gaan als dubbelagent voor Sunways, waardoor Sullivan belandt in een nieuwe, moeilijk leefbare wereld.